Le BTS MCO se prépare sur 2 ans en contrat d'apprentissage organisé sur 40 semaines de cours, avec un rythme d'alternance d'1 semaine en CFA et 1 semaine en entreprise, ou 2J/3J avec quelques semaines pleines. Cette formation est aussi proposée en formation initiale (à frais de scolarité), avec stages en entreprise.
Chaque apprenti a un référent, coordinateur pédagogique, en charge de son suivi en entreprise et d'une partie des enseignements professionnels. Cet encadrement permet de vérifier l'adéquation des activités professionnelles réalisées sur le terrain au parcours de formation et aux attendus du référentiel du diplôme.
L'entreprise d'accueil doit être une unité commerciale c'est à dire un lieu physique ou virtuel permettant à une clientèle de particuliers ou de professionnels d'accéder à une offre de produits et/ou des services. Par exemple: supermarché, hypermarché, point de vente traditionnel, site marchand...
La formation est composée d'enseignements généraux (culture générale et expression, langues vivantes, culture économique-juridique-managériale) et d'enseignements professionnels (développement de la relation client et vente conseil, animation et dynamisation de l'offre commerciale, gestion opérationnelle, management de l'équipe commerciale).

Accompagnement des apprentis: ateliers professionnels, 4 examens blancs, rencontres avec des professionnels.