La première année est dédiée à l'enseignement des bases théoriques et pratiques indispensables à la compréhension de l'organisation et du fonctionnement des systèmes écologiques. L'apprentissage porte aussi sur des outils numériques couramment utilisés pour archiver, analyser et représenter les données écologiques (logiciel R et QGIS). Les étudiant.e.s disposent d'un vaste choix d'UEs optionnelles et ont la possibilité de réaliser un stage dans un laboratoire de recherche ou en entreprise. La deuxième année met l'accent sur l'approfondissement des connaissances en écologie des communautés et des écosystèmes dans un contexte de changements globaux et d'anthropisation. Les enseignements couvrent également les applications dans les domaines de la bioévaluation et de l'ingénierie écologique. L'apprentissage par projets prédomine.