La formation se déroule en 2 ans sur 4 semestres et a lieu sous forme de cours magistraux et de travaux dirigés.

La formation a lieu sous forme de cours magistraux, de séminaires, prévoit la rédaction d'un mémoire de recherche ou la réalisation d'un stage, la participation à des colloques et conférences, et au concours de droit pénal international Claude Lombois.

Les enseignements magistraux du Master Droit pénal international et européen sont entièrement dispensés en France tout en permettant, en master 2, des contacts avec les juridictions pénales internationales. Ainsi, plusieurs séminaires sont dispensés par des membres de ces juridictions. Une sortie pédagogique et de recherche est organisée chaque année à La Haye, que prolonge un projet de recherche sur une ou deux affaires en cours.

Dans la mesure où la dimension internationale et européenne du diplôme impose une bonne maîtrise des documents en même temps qu'une ouverture sur les autres systèmes et cultures juridiques, l'enseignement insiste sur l'utilisation de la langue anglaise dans un contexte professionnel : lecture de décisions juridictionnelles, utilisation de sources, rédaction de résumés, présentation orale de dossiers juridiques. Afin de renforcer les connaissances linguistiques des étudiants, le master comprend un cours d'anglais de spécialité, permettant de faciliter l'accès aux carrières internationales.