Le rôle principal du secrétaire médicale est d'assurer la bonne organisation du cabinet médical, sachant que selon l'organisme de santé pour lequel elle travaille (centre hospitalier, cabinet médical, clinique, laboratoire d'analyse médicale...), ses fonctions peuvent varier.

D'une part, elle assure le standard téléphonique, gère les rendez-vous et les plannings du médecin, assure l'accueil et l'information des patients et délégués médicaux, et veille à ce que le cabinet soit toujours accueillant.

Le secrétaire médicale a également en charge toute la partie administrative, de la gestion des dossiers des patients jusqu'à la saisie des comptes rendus de consultation en passant par la remise à jour, le classement et l'archivage des données ou du courrier.