L'ISEQ, apporte à ses étudiants les bases concrètes de leur futur métier et les prépare à évoluer dans un monde professionnel exigeant.
Les intervenants, pour la plupart consultants et professionnels, fondent leur enseignement sur la recherche et l'étude de cas pratiques et de mise en situation.

Un programme basé sur 602 heures de formations et des thématiques comme :
Qualité :
- Études, analyses et mise en œuvre des différents référentiels de normes et certifications (ISO, MASE, COFRAC...).
- Étude de cas et travaux en groupes.

Environnement :
- La biodiversité, la biologie, les pollutions, le traitement des déchets, les filières de valorisations, l'analyse de cycle de vie et la veille règlementaire.
- Une mise à niveau permettra étudiants issus de filières non-scientifiques de bien appréhender le contenu de ce thème.

Hygiène :
- Étude des spécificités de l'hygiène alimentaire et industrielle.

Sécurité :
- La gestion des risques en entreprise qu'ils soient chimiques, électriques, incendies, physiques et psycho-sociaux.
- Étude et analyse des grands principes.