La mention de master Biodiversité, Écologie et Évolution (BEE) vise à former des cadres capables d'évaluer la qualité et le fonctionnement des milieux (semi-)naturels continentaux, d'intervenir dans leur gestion ou d'apporter des éléments d'expertises pour la recherche, les politiques publiques ou les gestionnaires. Elle permet également une poursuite en doctorat dans les différents domaines de l'écologie terrestre (écologie des communautés, écologie évolutive…). Comme toute formation scientifique, la recherche est au cœur de la formation. Les enseignants-chercheurs et chercheurs intervenant dans la formation basent leur enseignement sur les recherches appliquées ou fondamentales développées dans les laboratoires Bordelais CNRS EPOC, INRAE Biogeco, INRAE ISPA, INRAE EABX (principalement).
Le diplômé du master BEE possède de bonnes connaissances naturalistes, sait concevoir des études et expérimentations scientifiques (analyses bibliographiques, formulation d'hypothèses, plans d'échantillonnage, …) et manipuler les données biologiques et environnementales (gestion de données, analyses statistiques, cartographie/SIG). Il pourra répondre à l'un des engagements du Grenelle de l'environnement qui est de "Préserver et gérer la biodiversité des milieux naturels" en veillant à l'application des différentes directives européennes ou réseaux écologiques (ex: Directive Cadre sur l'Eau, réseau Natura 2000...).