Sont étudiés les milieux de production, les produits aquatiques, l'économie de l'entreprise, les techniques de valorisation et de communication.
Les productions abordées sont la salmoniculture, la conchyliculture, la pisciculture d'étang et les productions aquacoles nouvelles (pisciculture marine, élevage d'esturgeons, algoculture).

La qualification du BTSA « aquaculture » conduit les titulaires à développer particulièrement des compétences suivantes :
- Conduite de productions aquacole : obtenir une production dans de bonnes conditions sanitaires, répondant aux critères et aux objectifs fixés, dans le respect des règlementations, de l'environnement et du bien-être animal
- Organisation du travail : Organiser le travail dans le respect des réglementations, en maintenant une communication de qualité au sein de l'organisation pour atteindre les objectifs fixés
- Gestion des moyens de productions aquacoles : Organiser les moyens de production pour atteindre les objectifs dans le respect des règles d'hygiène et de sécurité.
- Pilotage de systèmes de productions aquacoles : Optimiser la conduite d'un système de production en mobilisant les données disponibles pour obtenir les résultats visés et s'adapter à l'évolution du contexte.
- Accompagnement technique : Conseiller des producteurs ou des organisations sur des choix ou opportunités de développement, dans le cadre de la transition agroécologique