Le premier semestre propose à l'étudiant de choisir 4 séminaires d'histoire et d'esthétique de la musique parmi 8 proposés (Musique médiévale, Musiques baroque et classique, Musique de la Renaissance, Musique romantique, Musiques populaires, Musique moderne, Musique contemporaine, Esthétique). Le volet "appliqué" du Master MFA se décline à travers trois cours : la Musicologie appliquée à la médiation,  un cycle sur la Paléographie et la notation et un cours intitulé "Musique et arts". Enfin, l'aspect méthodologique recouvre deux cycles : sur les Outils et méthodes de la recherche musicologique et sur les Outils numériques appliqués à la recherche. Un cours d'anglais, orienté vers la discipline, est également obligatoire.

Le deuxième semestre est moins dense, pour permettre à l'étudiant de travailler intensément sur son sujet de mémoire (qui doit faire l'objet, la première année d'un rapport de recherche). Un cours sur les Méthodes d'analyse en musicologie et le suivi obligatoire annuel de conférence ou colloques permettent à l'étudiant de mieux se rendre compte des attendus de son travail et d'élargir ses appétences scientifiques. Par ailleurs, deux cours nommés Musique, esthétique et société et Histoire et analyse de l'interprétation constituent l'aspect "fondamental", complété par des cycles plus appliqués sur la Sociologie des publics et la Musicologie appliquée à la rédaction professionnelle, ainsi qu'un stage obligatoire de 150 heures qui permet à l'étudiant de découvrir le monde professionnel.