La philosophie générale de ce DU est de partir des problématiques des participants, de les analyser et d'y répondre de façon pragmatique et dans la perspective de modifier les pratiques. C'est pourquoi les deux premiers modules, qui correspondent à des acquisitions de connaissances, sont mis en pratique dans le module 3 (travaux pratiques de bactériologie). Les bactériologistes et les cliniciens auront au cours de ce module la mission d'identifier les difficultés de rédaction d'un compte rendu d'analyse et de les améliorer au bénéfice du patient. De même, les modules cliniques prévoiront tous un temps de discussion des cas (cas réels apportés par les participants et les experts), en vue de trouver des positions consensuelles, à la fois sur les procédures diagnostiques, les décisions thérapeutiques, et les filières de soin. Des processus de mesure de consensus seront développés par l'utilisation en particulier de dispositifs Powervote